對於同志教育怎麼教，有反對的聲音質疑，「同志教育不適合國中小學童」，因為孩子太小了，也有人質疑「同志教育是不是會將孩子教成同志」？針對這些疑問，教育部在性別平等教育網站上做出許多說明，上報則採訪到多名第一線教師，了解他們如何進行同志教育。
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